Actualizando de Umbraco con Nuget pierdes el web.config

Sintomas:

Cuando actualizas Umbraco con Nuget te sobreescribe el web.config pese a haber respondido que no varias veces a la sobre escritura de *.configs.

Solución:

En primer lugar no te preocupes porque tienes una copia en /Appdata/nugetbackup de todos los configs cada vez que actualizas umbraco. Puedes recuperar el anterior.
En segundo lugar para evitar que te sobre escriba web.config utiliza la consola del administrador de paquetes Nuget en lugar del interfaz gráfico.

Explicación:

Creo que el problema es que los de Umbraco usan un hack que lee en la consola lee el último mandato escrito, mientras que en el gui lee el título de la ventana.